Keberadaan Fakultas Pertanian sebagai bagian dari Universitas Alkhairaat Palu, pada awalnya dibuka dengan program Diploma III Jurusan Perkebunan pada tahun 1990. Perubahan situasi dan peraturan pendidikan nasional, dan menyadari akan dibutuhkan sarjana-sarjana pertanian yang mandiri dan profesional serta memperhatikan potensi daerah Sulawesi Tengah yang tergolong daerah agraris, maka lewat perjuangan panjang, diusulkan proposal pembukaan Fakultas Pertanian jenjang program strata satu (S1) ke Pemerintah Republik Indonsia. Syukur Alhamdulillah, pada tanggal 10 Mei 1994, Pemerintah Indonesia melalui surat keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Depdikbud RI. No. 131/Dikti/Kep/1994 memberi status terdaftar kepada Fakultas Pertanian dengan dua jurusan, yaitu Jurusan Agronomi dan Jurusan Teknologi Hasil Pertanian (THP). Masa rentang waktu pengelolaan Fakultas Pertanian Universitas Alkhairaat Palu, untuk jabatan dekan telah mencatat Ir. Abdul Rauf Toramai, selaku Dekan Pertama periode tahun 1990 sampai dengan tahun 1995, yang berjasa merintis sehingga terbentuklah Fakultas Pertanian Universitas Alkhairaat Palu. Pengelola Fakultas selanjutnya diserahkan kepada Ir. Kasman Jaya Saad, selaku Dekan Fakultas Pertanian sejak Tahun 1995 sampai dengan tahun 1999 dan tahun 1999 sampai dengan tahun 2001. Pada rentang periode tersebut Fakultas Pertanian memperoleh status terakreditasi (disamakan) dari Badan Akreditasi Nasional (BAN). Tongkat estafet pengelolaan Fakultas selanjutnya diserahkan kepada Ir. Aris Aksarah Pas, M.P., selaku Dekan Fakultas Pertanian masa periode Tahun 2001 sampai dengan 2008 dan than 2008 sampai dengan tahun 2010, kemudian pengelolaan Fakultas diserahkan kepada Ir. Sitti Sabariyah, D., M.Si., selaku Dekan sejak tahun 2010 hingga tahun 2013, selanjutnya mulai tahun 2013 hingga tahun 2020, pengelolaanFakultas dilanjutkan oleh Dr.Ir. Hasmari Noer,M.Si sebagai Dekan Fakultas Pertanian Universitas Alkhairaat Palu kemudian pada tahun 2020, pimpinan fakultas dilanjutkan oleh Dr. Arfan, S.P., M.Sc