Universitas Alkhairaat Palu didirikan pada tahun 1964 ,mengemban amanah pendidikan untuk mencerdaskan kehidupan bangsa dan negaraserta menciptakan sumberdaya insani yang berkualitas dalam mendukung pembangunan masyarakat Indonesia pada umumnya, dan Sulawesi Tengah pada khususnya.
Sejak berdirinya Universitas Alkhairaat merupakan kilas balik penelusuran keberadaan pendidikan Alkhairaat itu sendiri di lembah Palu Sulawesi Tengah, dengan menampilkan peran sentral H.S Idrus Bin Salim Aldjufri selaku tokoh utama. Universitas Alkhairaat seakan menjadi kulminasi dari obsesi perjalanan panjang perjuangan sang pendiri dalam menegakkan tonggak peradaban Islam di Nusantara, khususnya di Kawasan Timur Indonesia, melalui pembinaan Lembaga Pendidikan Alkhairaat yang didirikan tahun 1930 serta dibukanya Universitas Alkhairaat dengan Nama UNIS tahun 1964.
Perubahan situasi dan peraturan pendidikan nasional turut mempengaruhi perjalanan Universitas Alkhairaat dalam kurun tahun 1987, sehingga harus berganti nama menjadi Perguruan Tinggi Islam Alkhairaat disingkat (PTIA). Sekembalinya Saggaf Bin Muhammad Aldjufri, MA, dari Kairo Mesir maka Beliaulah yang dipercayakan melanjutkan estafet kepemimpinan Perguruan Tinggi Alkhairaat, selaku Rektor kedua. Selanjutnya pada tahun 1989, dalam masa kepemimpinan Ir. Faisal Shahab selaku Rektor Unisa, Pemerintah Indonesia melalui SK Departemen Pendidikan dan Kebudayaan nomor: 0842/0/1989, tertanggal 16 Desember 1989, memberikan status terdaftar bagi Fakultas Perikanan, Fakultas Ekonomi dan Fakultas Sastra. Kemudian pada tahun 1991, Fakultas Syari’ah diintegrasikan dalam Unisa dan diberikan kewenangan menyelenggarakan Program strata satu (S1) berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama RI nomor: 120 tahun 1991 yang membina dua (2) program studi, pada tahun yang sama Fakultas Pertanian juga terbentuk. Pada akhir tahun 2006 izin penyelenggaraan Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan terbit melalui SK Dirjen Dikti dengan dua jurusan, dan pada tahun 2009 juga memperoleh izin penyelenggaraan Program Studi Pendidikan Dokter. Saat ini Universitas Alkhairaat Palu membina tujuh fakultas, yaitu: (1) Fakultas Agama Islam, (2) Fakultas Perikanan, (3) Fakultas Ekonomi (4) Fakultas Sastra, (5) Fakultas Pertanian, (6) Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan dan (7) Fakultas Kedokteran, terdiri dari 13 Program Studi.
Keberadaan Fakultas Pertanian sebagai bagian dari Universitas Alkhairaat Palu, pada awalnya dibuka dengan program Diploma III Jurusan Perkebunan pada tahun 1990. Perubahan situasi dan peraturan pendidikan nasional, dan menyadari akan dibutuhkan sarjana-sarjana pertanian yang mandiri dan profesional serta memperhatikan potensi daerah Sulawesi Tengah yang tergolong daerah agraris, maka lewat perjuangan panjang, diusulkan proposal pembukaan Fakultas Pertanian jenjang program strata satu (S1) ke Pemerintah Republik Indonesia.
Syukur Alhamdulillah, pada tanggal 10 Mei 1994, Pemerintah Indonesia melalui surat keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi DepdikbudRI. No. 131/Dikti/Kep/1994 memberi status terdaftar kepada Fakultas Pertanian dengan dua jurusan, yaitu Jurusan Agronomi dan Jurusan Teknologi Hasil Pertanian (THP). Fakultas Pertanian Universitas Alkhairaat Palu telah dipimpin oleh sejumlah dekan yang berdedikasi sejak berdirinya. Berikut adalah periodisasi kepemimpinan tersebut:
1. Periode Perintisan (1990-1995)
Ir. Abdul Rauf Toramai menjabat sebagai Dekan pertama yang berjasa dalam merintis pendirian dan pembentukan Fakultas Pertanian.
2. Periode Pengembangan (1995-2001)
Ir. Kasman Jaya Saad memimpin selama dua periode:
o 1995-1999
o 1999-2001 Pada masa kepemimpinannya, Fakultas Pertanian berhasil memperoleh status terakreditasi (disamakan) dari Badan Akreditasi Nasional (BAN).
3. Periode Konsolidasi (2001-2010) Ir. Aris Aksarah Pas, M.P. memimpin selama dua periode:
o 2001-2008
o 2008-2010
4. Periode Transisi (2010-2013)
Ir. Sitti Sabariyah, D., M.Si. menjabat sebagai Dekan.
5. Periode Stabilisasi (2013-2020)
Dr. Ir. Hasmari Noer, M.Si. memimpin selama dua periode:
o 2013-2015
o 2015-2020
6. Periode Kontemporer (2020-sekarang)
Dr. Arfan, SP., M.Sc. saat ini menjabat sebagai Dekan Fakultas Pertanian untuk periode 2020-2024 dan 2024-2028.